2001-2006 թթ. որպես ՀՀ արդարադատության նախարարության քրեակատարողական վարչության պետ պաշտոնավարած Սամվել Հովհաննիսյանի գործը մակագրվել է Երևանի Արաբկիր և Քանաքեռ-Զեյթուն վարչական շրջանների դատարանի դատավոր Արմեն Խաչատրյանին:

Ս.Հովհաննիսյանը մեղադրվում է ՀՀ քրեական օրենսգրքի 38-35-104-րդ հոդվածի 2-րդ մասի 7-րդ և 8-րդ կետերով՝ մի խումբ անձանց կամ կազմակերպված խմբի կողմից և շահադիտական դրդումներով, պատվերով՝ շորթմամբ, ավազակությամբ կամ բանդիտիզմով զուգորդված սպանության նախապատրաստության կազմակերպում, և ՀՀ քրեական օրենսգրքի 178-րդ հոդվածի 3-րդ մասի 1-ին կետով՝ առանձնապես խոշոր չափերով խարդախություն:

Ըստ մեղադրանք՝ նա, Լ. և Թ. Հովհաննիսյանների կողմից 2006 թվականին հիմնադրված և վերջինիս տնօրինությամբ գործող «Սամոշ» ՍՊ ընկերությունում չունենալով գործարքներ կնքելու, նյութական միջոցներ տնօրինելու և այլ իրավունքներ, ինչպես նաև՝ օրենքով նախատեսված լիազորություններ, տարբեր անձանց հետ նույն գույքի՝ նշված ընկերության կողմից Երևան քաղաքի Մամիկոնյանց փողոցի 51/2 հասցեում կառուցվող բազմաբնակարանային շենքի երկու բնակարանների վերաբերյալ կնքել է կրկնակի գործարքներ և խարդախությամբ՝ խաբեության և վստահությունը չարաշահելու եղանակով, հափշտակել է այդ բնակարանների համար վճարված առանձնապես խոշոր չափերի գումարները։

Ըստ մեղադրական եզրակացության՝ գտնվելով դժվար ֆինանսական վիճակում և իմանալով, որ վրեժխնդրության շարժառիթով դրդված կա անձ, ով մտադիր է պատվիրել եղբորը սպանության համար Գորիս քրեակատարողական հիմնարկում պատիժը կրող դատապարտյալ Ջամալ Սլոյանի սպանությունը, Սամվել Հովհաննիսյանը համաձայնվել է գտնել սպանության կատարողին և միջնորդ հանդիսանալ վերջինիս ու պատվիրատուի միջև։ Ըստ ԱԱԾ-ի՝ սպանության պատվիրատուն նպատակին հասնելու համար պատրաստակամ է եղել տրամադրել 30.000 ԱՍՆ դոլար։ Ըստ մեղադրանքի՝ Ս.Հովհաննիսյանը նախկինում երկու անգամ դատապարտվածի միջոցով գտել է «Դատապարտյալների հիվանդանոցում» գտնվող մեկ այլ դատապարտյալի, ով սակարկումների արդյունքում համաձայնել է 7.500 ԱՄՆ դոլարի չափով վարձատրության դիմաց կատարել սպանությունը։