Կառլեն Մկրտչյանը մեկ տարվա պայմանագիր կնքեց «Փյունիկ» ֆուտբոլային ակումբի հետ։ Ֆուտբոլիստը, վերջնական բուժում անցնելով Գերմանիայում, այժմ ամբողջությամբ ապաքինվել է ու պատրաստ է խաղալ թիմում։ Այս մասին տեղեկացնում է հայկական ակումբի կայքը:
Կառլեն Մկրտչյանը «Փյունիկ»-ում հանդես է եկել 2008-2011, 2014-2015 թթ։
2011-2013 թ.թ. հանդես է եկել Դոնեցկի «Մետալուրգ»-ում, 2013-2014, 2015-2017 թ.թ.՝ Մախաչկալայի «Անժի»-ում։
2010թ.-ից հանդես է գալիս Հայաստանի ազգային հավաքականում։
2010-ին Կառլենը ճանաչվել է Հայաստանի լավագույն ֆուտբոլիստ։