Ստեփան Աղաջանյանը ծնվել է 1863 թվականի դեկտեմբերի 16-ին Շուշիում, դերձակի ընտանիքում։ Սովորել է Շուշիի թեմական դպրոցում (1872-1881) և ռուսական ռեալական ուսումնարանում (1881-1884): 1884 թվականին մեկնում է Բաքու, 1886 թվականին՝ Ֆրանսիա:
Հիմնավոր նկարչական կրթությունը ստացել է 1886-1890 թվականներին Մարսելինկարչական ստուդիայում, ապա Փարիզի Ժյուլիան ակադեմիայում՝ 1897-1900թվականներին, պրոֆեսորներ Բ. Կոնստանի և Ժ. Պ. Լորանսի արվեստանոցում։
1900 թվականին վերադարձել է Շուշի, 1902-1904 թվականներին աշխատել է Բաքվում, ապա տեղափոխվել Դոնի Ռոստով, ուր մինչև 1921 թվականը ստեղծագործել և նկարչություն է դասավանդել հանրակրթական դպրոցներում ու Պետական նկարչական ստուդիայում:
Ստեփան Աղաջանյան 1921 թվականին վերադառնում է Հայաստան: 1922-1929 թվականներին պաշտոնավարել է գեղարվեստա-արդյունաբերական տեխնիկումում (այժմ՝ Երևանի Փ. Թերլենեզյանի անվան գեղարվեստի ուսումնարան) իբրև գեղանկարչության դասատու։ 1938 թվականին արժանանում է Խորհրդային Միության ժողովրդական նկարիչ կոչմանը, 1939 թվականին պարգևատրվում է Աշխատանքային կարմիր դրոշի շքանշանով։ Մահացել է 1940 թվականի դեկտեմբերի 13-ին:
